随着“五风”的表现和危害越来越严重，杨献珍批判“五风”也越来越尖锐、“刻薄”。1959年6月12日和河南省委党校、抚顺市委党校参观组的淡话——《坚持实事求是作风、狠狠批判唯心主义》；1959年6月19日在全国文联作的《唯物主义和共产主义学说》的报告；1959年7月29日和中宣部政治经济学学习班的谈话——《离开唯物主义是危险的》；以及1959年10月13、14日在中央联络部组织的一次集会上发表的讲话：《关于群众路线的理论基础》。这几次讲话，是杨献珍批判“五风”的代表作，也是康生抓杨献珍“右倾机会主义’’的把柄。杨献珍说：“有人说：‘实践就是理论，读书就是教条’。……教条主义是主观主义的一种表现形式，不读书就不会犯主观主义的错误吗?我看靠不住，如有的地方提出：‘人有多大胆，地有多大产’，‘不怕做不到，就怕想不到’，胆量等于产量，思想等于行动，这到底是唯物主义还是唯心主义?弄虚作假总不能算作唯物主义吧!可是去年，弄虚作假几乎成了‘流行病’。河南的西平县某公社胡吹‘小麦亩产7320斤’，有个科学刊物叫做《自然辩证法研究通汛》，1958年第4期上登了一篇题为《揭开了7320之谜》的文章，……捏造了许多‘根据’和‘理由’，把虚构的‘7320’说成是真的。我看把这篇文章的题目改为‘掩盖7320的谎言’，才比较切合实际。科学刊物发表这样的文章，到底科学不科学呢?还有这样一个生产队，为了虚报丰产，放假卫星，就把几十亩水稻移栽在一块供参观用的水田里。白天晒死了，夜间再移栽新的。像这样的卫星还是以不放为好。某地三官庙乡，被称为‘哲学之乡，，他们在大办钢铁时提出的口号是‘超鞍钢、超美国、超苏联’。这个实现‘三超’的哲学之乡，它的哲学到底是唯物主义的，还是唯心主义的?”“列宁说过，离开唯物主义是错误的、危险的，甚至是反动的。有些人把列宁的这些话忘记了。还有人拿着唯心主义当宝贝，说什么：不虚报就不能鼓足群众的干劲，不虚报就不能促进大跃进的形势，不虚报就于群众脸上无光，等等。现在应当好好地检查一下，到底是虚报能鼓足群众干劲呢?还是实报能鼓足群众干劲呢?虚报的结果搞得没饭吃，搞得群众脸都浮肿了，这叫群众脸上有光吗?”“面对着唯心主义成灾的形势，党校现在的任务更重了，要培养实事求是的作风，要狠狠批判唯心主义思想和由此产生的荒唐行为。不把唯心主义批透，说不一定哪一天还会刮起这种风来。”杨献珍说：“去年刮的‘共产风’，根本不是马克思主义的共产主义，而是和马克思的共产主义背道而弛的东西，马克思把这种思潮叫做原始的共产主义。‘共产风’实际上就是18世纪末期至19世纪初期、在欧州一度流行过的原始共产主义思潮的中国形式，它的主要特点就是绝对平均地分配社会财富。要是我们把去年刮‘共产风”的人有关思想研究一下，就很容易看出古今中外的原始共产主义是何等相似，有入说，公社成立后，就是各取所需，要什么有什么，……共产主义使人们享受共同待遇，不分技术高低和劳动创造的财富多少，……到了共产主义社会，大家都穿一样的衣服，吃一样的饭，有钱一律归公，孩子也是大家的。劳动的有吃有穿，不劳动的也有吃有穿，什么都是人人一份，什么你的、我的，部是一个样”。“马克思指出：原始共产主义实质上是私有制的普遍化，即普及到集体的每个成员那里的私有制的表现形式，……原始共产主义既然是以实现普遍化了的私有制来反对一般私有制，它势必要把一切不可能为每一个成员所私有的财富破坏掉。……他们要求人们平等地占有财富，结果是财富的消灭；他们为了分配的平等，而否定人们才能上的差别，可是只要人们的才能上还存在着差别，分配上的不平等实质上是平等的表现形式。否定这种形式的平等，就把平等建立在不平等的基础上，结果是生产率下降，以至整个社会经济破产。因此，恩格斯非常生动而深刻地把这种思潮叫做‘狂暴的幻想’。”“用原始共产主义来消灭私有制，不是历史的进步而是倒退，倒退到尚未达到私有制的生产力水平的社会里去。在那里，没有任何文明与文化，只有一群贫困的、没有理想的人，他们和物质世界的关系用近似于动物对物质世界的状态表现出来。我也很怀疑有些热衷于刮‘共产风’的人能否言行一致，真正愿意去过他所说的共产主义的生活’，因为马克思还说过，原始共产主义不过是挂着公有制幌子的‘私有制的卑鄙的一个表现形式。”“随着去年的‘共产风’一齐而来的还有各种胡言乱语。有的人说，建成共产主义，只要人民觉悟提高就行了，不一定要物质基础很丰富。……进入共产主义，不是根据什么规律，而是由某个人说就算了。”“这些大概是他们‘通向共产主义的道路’吧厂杨献珍说：“马克思的社会主义和共产主义所以是科学的，是因为马克思严格地依据历史和社会的经济发展规律来论证社会主义和共产主义的。正如列宁在《卡尔·马克思》一书中所说：资本主义社会必然要转变为社会主义社会这个结论，马克思是完全而且仅仅根据现代社会的经济运动规律得出的。”“我们有些同志，……不分析我们经济上成熟的程度，不考虑物质基础，凭脑子一热凭主观愿望，嘴一张，以为说要进入共产主义社会就能进入共产主义社会。”“人民公社本来是集体所有制，这样的所有制是和我们现实的生产力的状况相适合的，如果在公社成立后，谨慎行事，现在的情况会好得多。可是有些人被胜利冲昏了头脑，急急忙忙地宣布改变集体所有制为全民所有制，又急急忙忙地宣布全民所有制就是共产主义，这就混淆了社会主义和共产主义两个不同的社会阶段，是违反辩证唯物主义原理的。”“我们知道社会主义社会给生产力的迅速发展准备好了条件，只有在生产力不断发展的情况下，才能够为社会主义社会向共产主义社会过渡提供物质基础。一切热心于共产主义事业的人，都必须首先热心于积极地、老老实实地发展我们的生产力，为全国的高度工业化，农业机械化努力奋斗。”“去年也有‘浮夸风’、‘瞎指挥风’，……主观能动性当然要讲，但排斥客观规律性的主观能动性则是瞎指挥的思想基础。”杨献珍针对“强迫命令风”的较为普遍存在，引用毛泽东的话说：“马克思主义者从来就认为无产阶级的事业只能依靠人民群众，共产党人在劳动人民中间进行工作的时候必须采取民主的说服教育的方法，决不允许采取命令主义态度和强制手段。……人与人的关系有两种：一种是敌我关系，处理人民群众与敌人的关系，就要依靠人民群众的力量；再一种是人民群众与人民群众之间的关系，处理这种关系，毛泽东同志讲要采取民主的说服教育的方法，也就是群众路线的方法。……群众路线的思想的理论基础，是马克思主义的世界观和历史观(辩证唯物主义与历史唯物主义)。因此，……首先应当注意从马克思主义的辩证唯物主义的世界观和历史观，这个最根本的问题研究起，才能把群众路线研究得比较深刻、透彻。”他在尖锐地批评“五风”的同时，以急切的心情，用唯物论、辩证法原理结合当时的实际，论证总路线、人民公社、大跃进，以使之与当时中国社会发展的现实进程相符合。

    1959年8月杨献珍参加了庐山会议后期的八届八中全会，庐山会议结束后，“反右倾”斗争开始推向全党。康生这个批判彭德怀的最积极的分子，抓住杨献珍的几次讲话、报告中批判“五风”的言论，按照庐山会议批判彭德怀的模式，发动中央党校党委对杨献珍的“右倾机会主义”进行批判。康生、陈伯达等找杨献珍谈话，指出他的“严重错误”，责令他进行检查，承认错误，改进党校工作。12月9日康生召集党校党委委员开会，部署对杨献珍的批判。从1959年12月15日起到1960年6月16日，共开了22次全体会议，进行长达6个月的批判。康生说：“杨献珍和彭德怀一文一武，一个在山下，一个在山上，一唱一和，反对社会主义建设总路线、大跃进、人民公社，犯了右倾机会主义错误”；在教学上犯了“不以毛泽东思想为指导的方针性错误”；等等。杨献珍也不得不作了违心的检讨，校长职务被降为副校长。不久，任命中监委副书记王从吾兼党校校长。任命艾思奇、范若愚为副校长，艾思奇主持日常工作。

    全党“反右倾”斗争的直接后果是1959年冬季又刮起“共产风”来，我国国民经济发生了严重困难。1960年11月中央发出《关于农村人民公社当前政策问题的紧急指示信》，要求全党用最大的努力来纠正1959年冬季又刮起来的“共产风”。1961年3月中央发出《关于认真进行调查研究工作问题给各中央局、各省、市、区党委的一封信》，要求各级领导“一切从实际出发，不调查没有发言权，必须成为全党干部思想和行动的首要准则。”“在调查的时候，不要怕听言之有物的不同意见，更不要怕实际检验推翻了已经作出的判断和决定。”就在这个时候，根据安子文的建议，王从吾校长批准杨献珍到下边去进行调查研究。1961年2月26日，杨献珍西出潼关到西北调查研究。到达西安之后，参加了陕西省三级干部会议，阅读了会议简报。还借阅了甘肃省和新疆自治区三级下部会议简报。这些简报所反映出来的问题，和杨献珍1958年到1959年在河南、河北、湖北、天津等地所看到的那些“五风”问题几乎完全相同。这个事实表明“五风”问题带有普遍性。三级干部会上对“人有多大胆，地有多大产”之类的唯心主义口号作了批判，杨献珍非常高兴。他感到自己1959年讲的那些话并没有错误，因为讲话中批到的那些问题，正是今天中央和省三级干部会上批判的错误。杨献珍在陕西、新疆调查研究时，应陕西省委和新疆自治区委之邀，就“怎样总结历史经验，教育干部、提高干部”问题向干部作了报告，用辩证唯物主义来总结三年的经验教训，提高到世界观、方法论上进行分析批判，使很多下部有茅塞顿开之感。

    1961年6月中央在《关于讨论和试行农村人民公社工作条例(修正草案)的指示》中规定：“过去批判和处理错了的，要改正过来。恢复名誉，恢复职务；部分问题批判和处理错了的，改正这一部分问题的结论。错误地对群众(包括富裕中农)进行的批判，应向他们道歉，……”。1961年9月，杨献珍调查归来，首先向王从吾校长汇报调查工作情况。同时许多党校的学员、工作人员到杨献珍家来看望他。建议杨献珍以《怎样总结历史经验，教育干部、提高干部问题》，给中央党校学工人员作一次报告。王从吾校长也同意讲这个题目，从总结经验教训入手，进行思想发动，解决中央高级党校几年来的种种问题。