尽管伊斯兰教传入我国的初始年代尚无定论，但学界一般按著名历史学家陈垣的看法，将其定为唐高宗“永徽二年”，即公元651年。若依此推算，则至今伊斯兰教进入我国已历经1356年，其中又蕴含着从“伊斯兰教在中国”到“中国伊斯兰教”如此曲折复杂的嬗变过程。真正现代意义上的我国伊斯兰教研究始于20世纪初。
     一、第一阶段：20世纪上半叶
     当时的伊斯兰教研究者主要有：陈垣、金吉堂、白寿彝、达浦生、王静斋、哈德成、马以愚、傅统先、马坚、陈汉章等学者。他们的学术成果包括《回教入中国史略》《中国回教史研究》《中国回教史》《中国回教小史》等奠基之作，其研究领域主要以伊斯兰教史和伊斯兰教经典为主。此后，我国的伊斯兰教研究在学科细分方面不仅涉及世界伊斯兰教、伊斯兰教史、教义学和教法学，更囊括了当代伊斯兰教、中国伊斯兰教、伊斯兰文化艺术和《古兰经》研究等多个分支领域。这一时期，对伊斯兰教的研究主要受嘉乾以来考据学风的影响，以传统史学为主要研究方法，研究者多为我国的穆斯林，但也出现了以陈垣为代表的教外学者，他们的研究也受到了穆斯林学者的认同。同时，在当时西学东渐的大背景下，西方的研究方法和学术传统也流传进来，我国的伊斯兰教研究者也开始尝试应用这些新的方法和手段对伊斯兰教的经典、历史、思想、教法等予以考察和思考。
     二、第二阶段：20世纪下半叶
     新中国成立后，伊斯兰教研究获得了空前的发展，尤其是1977年以后，我国伊斯兰教研究在古兰学、伊斯兰教工具书、历史、教派、哲学思想、伊斯兰教国际政治和民族文化、人物、文学艺术等领域都获得了巨大进展，其研究的广度和深度远远超出了以往任何一个时期。在这一阶段，伊斯兰教学术讨论极为活跃，从1980年到1986年，我国学者相继在银川、兰州、西宁、西安、乌鲁木齐、昆明等地召开全国性的伊斯兰教学术研讨会。这些会议被视为我国当代伊斯兰教研究的里程碑，对促进全国伊斯兰教学术研究的开展起到了关键作用。
     在20世纪最后20余年的伊斯兰教研究中，我国学者采用多层面、多角度的方法来分析和阐述了伊斯兰教历史潮流、现状及特点。例如，在《古兰经》的翻译和伊斯兰教工具书的编纂方面，出版了权威性的《古兰经》汉译本和维吾尔语译本，推出了一系列介绍研究《古兰经》的专著，从而使古兰学获得重大发展，而伊斯兰教辞典、百科全书的出版也为人们认识伊斯兰教提供了丰富的知识。在伊斯兰教综述和世界伊斯兰教研究方面，学者们比较关注阿拉伯世界和伊斯兰教现状问题，其研究涉及当代伊斯兰复兴运动、宗教激进主义倾向、伊斯兰教与国际政治的关系等问题。在伊斯兰教历史研究方面，其重点是中国伊斯兰教，所涉及的领域包括中国伊斯兰教派门宦历史、伊斯兰教与中国传统文化的关系、伊斯兰教史料整理等方面。此外，在伊斯兰教历史学、教法学、哲学思想、人物评传、伊斯兰文化、文学、教育、科学、艺术等研究方面亦成绩斐然，令人瞩目。
     三、第三阶段：迈入21世纪后的新动向
     迈入21世纪后，我国伊斯兰教研究呈现出研究方法多样、范围拓宽、研究内容细化等特征。这主要表现在以下几个方面：
     1.伊斯兰教与社会主义社会相适应。自2001年以来，响应“西部大开发”的号召，我国伊斯兰教研究学者将伊斯兰教与西部大开发联系起来，就伊斯兰教自身发展与如何适应和促进西部开发的问题展开讨论，成为近年来伊斯兰教研究领域的一个学术亮点。此外，近年来伊斯兰教与社会主义社会相适应的研究的发展新趋势还表现为，针对我国伊斯兰教在我国社会中面临的机遇与挑战，研究如何利用传统的宗教文化资源推动社会主义和谐社会的建设。近年来一些学者开始运用文化人类学、宗教社会学等方法，对当代我国伊斯兰教所面临的现实问题，特别是我国信仰伊斯兰教的少数民族社群在现代社会中的处境进行了研究。这些研究多以田野调查为基础，立体地反映了我国伊斯兰教多元化的面貌，并为积极引导宗教与社会主义社会相适应提出了可资借鉴的观点和意见，具有一定的现实意义，如《伊斯兰教在西海固》《张家川回族的社会变迁研究》等著作。
     2.国际伊斯兰教研究。由于国际上宗教极端主义者的活动仍然猖獗，我国学者对宗教激进主义和伊斯兰极端主义即所谓“政治伊斯兰”的关注有增无减。学者们把宗教的研究与国际政治的研究结合起来，得出了一些独到的新见解。我院的有关学者一直密切关注伊斯兰极端主义问题，并加强对它的研究和认识，尤其是它产生的深层次原因，包括宗教、社会、政治等，以及其未来发展的趋势和对我国的影响。为此我院立项了院级重点课题“宗教极端主义研究”，专门组织一批资深专家学者对此开展专题研究，其中伊斯兰教极端主义是该课题的重点研究对象。“9·11”事件的发生更说明了设置这一课题的现实性、重要性、及时性和前瞻性。
     3.中国伊斯兰教研究。我国伊斯兰教的历史、文化、伦理道德、教义教规、清真寺建筑等一向是我国学者重点研究的常规课题，也是成果最多的研究领域。近年来这方面的研究更向纵深发展，涉及面更广，发表了一些高水平的学术著作和论文。例如，长期以来，从事伊斯兰教研究的学者都强调阿拉伯语、波斯语、乌尔都语文献对伊斯兰教思想发展的重大作用。而自明清以来我国穆斯林学者以汉语写作、阐释伊斯兰教教义教理的著作，却没有得到相应的重视。近年来，这一趋势有所改变，一些国外学者已经开始把刘智、王岱舆等我国穆斯林“汉文译著”运动的代表人物的著作纳入研究范围。作为我国传统文化与伊斯兰文化相交融而产生的汉语伊斯兰教文献典籍，受到越来越多的关注。有学者提出，鉴于汉语伊斯兰教文献对于多元化的伊斯兰思想做出的贡献，理应给予与其他语种文献同样重要的地位和更多的重视。我国一些研究者致力于对汉语伊斯兰教文献典籍的研究，已经拿出了具有一定深度的研究成果，例如《我国的天方学———刘智思想研究》。
     4.文献研究。近年来我国伊斯兰教研究很突出的一个成就是历史资料的收集整理。这一工作一方面是从全局角度对我国伊斯兰教的珍稀史料所进行的搜集和整理工作；另一方面是地方性伊斯兰教史资料的编纂。近年来，我国伊斯兰教的资料整理与抢救工作日益受到学者们的重视。例如，隶属于《我国宗教历史文献集成》的《清真大典》。此书是对我国伊斯兰文献典籍进行的第一次全面、系统的整理，其中不仅收录了我国历史上最早的《古兰经》刻本、珍贵的《古兰经》清代抄本、回族天文历法明代抄本，还首次刊发了一些过去常被忽视的重要民间抄本，比如《纲常》等，其中一些资料属于抢救性整理。这一功在千秋、造福后人的基础性研究工作为今后我国伊斯兰教研究奠定了坚实的基础，其重要性不言而喻。同时，地区性伊斯兰教史的编纂又迈出重大一步。这方面的代表性专著包括《南京回族、伊斯兰教史稿》和《我国南方回族历史人物资料选编》等。值得注意的是，这两本著作都涉及我国南方回族的历史和文化。而南方的伊斯兰教研究以前总是受到忽略，研究成果不多，有关东部地区的伊斯兰教研究也较少，这两本书的出版说明我国伊斯兰教研究开始克服注重西部轻视东部的不足。