学术界有这样一种观点：认为基督教是相当理性的，甚至不亚于科学；它所包含的理性因素为近代科学思维方式的形成准备了必要的前提：其怀疑精神鼓励了对自然的研究；对自然规律的寻找（“神圣立法者”）和重视逻辑的传统，体现了因果性原则的追求。事情果真如此吗？
     一、宗教的产生早于科学吗？
     持这种观点的人所以会有以上看法，是与他们过分看重基督教产生于近代科学之前的历史事实相联系的。然而，他们缺乏历史过程的分析，忘记对基督教和近代科学进行追根溯源的考察。他们甚至一般地认为，科学是在宗教的基础上发生的。这实在是只看一时、忽视过程、似是而非的一种论调。
     谈到科学与宗教的起源，自然要追溯到人类的原始社会。马林诺夫斯基认为，一切原始社会，“凡经可靠而胜任的观察者所研究过的，都很显然地具有两种领域：一种是神圣的领域或巫术与宗教的领域，一种是世俗的领域或科学的领域”（马林诺夫斯基：《巫术·科学·宗教与神话》，中国民间文艺出版社1985年版）。这是清晰透彻的真知灼见。
     从人类文化的起源来看，有一个重要的基本观点：那就是，在人类文化发生之初，科学与宗教的因素就同时共生了。如果可以说，有了人，也就出现了人的文化，那也可以说，科学与宗教意识萌芽是和人自身的出现同时产生的。它们共同包容在人类最初的思维活动中，相互交织在一起，不容易区分开来。随着人类文化的发展，开始出现文化形式的分化，呈现分离的运动趋势，这是文化进步的表现。但在原始社会结束之前，这种分化还处于雏形阶段，科学与宗教因素相互并存，边界模糊，交错融合，内容彼此渗透。在原始科学中不难找到人类虚幻认识的神秘成分；在原始宗教中也不难发现人类通过实践活动所积累的某些合理的经验知识。这说明原始人的认识能力还是十分低下的，与科学与宗教的起源问题不可相互混淆。
     原始人的科学与宗教意识萌芽是从哪里来的？当然不是人头脑里固有的，也决不是“天启的”，而是从人的实践活动中来的。原始人的生存实践和生产活动才是科学（世俗领域）与宗教（神圣领域）意识萌芽的源头。关于原始思维的研究表明，原始人对那些较为确定的、希望与恐惧等情感作用淡然、容易为理智的方法与技术的过程所支配的现象关系的认识，逐渐积累起来，成为科学的萌芽。而那些捉摸不定的、情感作用浓重、人们难以控制的现象关系，因为无法说明，因而被神秘化,成为宗教的前身。不过，在原始社会，宗教并没有发展成为一种统一的观念，对于当时人们的思想和行动起不了什么规范作用，也形不成多大的约束。所谓“神”，在人们的心目中，基本上依然是人性自在物的化身。原始人类认识不了的现象太多了，所以科学史家丹皮尔说：“科学并不是在一片广阔而有益的草原上发芽成长的，而是在一片有害的丛林———巫术和迷信的丛林———中发芽成长的。”（丹皮尔：《科学史》，商务印书馆1970年版）这在一定意义上是正确的。
     宗教是一种社会现象，这种现象的揭秘，要到社会世俗生活中找。马克思说得好：“我们不把世俗问题化为神学问题，我们要把神学问题化为世俗问题”；“我们不是到犹太人的宗教里去寻找犹太人的秘密，而是到现实的犹太人里去寻找犹太教的秘密。”（马克思：《论犹太人问题》）人类世俗生活是色彩斑斓的，反映世俗生活的世俗文化自然是丰富多彩的，在这个意义上，也可以说，宗教的秘密可以到世俗文化（包括哲学、科学、文艺等）中去寻找。宗教是世俗文化的神话性、喻意性、虚拟性表示。人类文化绚丽多姿，世界宗教也就各有特色。反映宗教生活的虚拟性的神学文化，与现实性的世俗文化相比，只能是处于次生的地位。所以说，科学决不可能来源于宗教；毋宁说，宗教会受到科学很大的影响。自然，神学文化也会对世俗文化产生一定的作用。
     有人说，宗教的根本问题是真、善、美，似乎这是它独有的，因而才凌驾于其他之上，其实非也。岂止如此，真、善、美也是科学、哲学，乃至人类文化的根本问题，所以它们与宗教之间也不无相同之处。其间的区别只是寻求解答的途径不同，表述的形式不同，因此而使它们分道扬镳了。二、古希腊自然哲学与逻辑学才是理性的前提
     实际上，怀疑精神和对自然规律的探求（重视逻辑），早在古希腊时期就已经崭露头角了，这是众所周知的事实，是任何辩解都无法掩盖的。在这些方面，只要略述一二，即可昭然若揭。
     生活于公元前约624至547年间的泰勒斯开始提出水元素说，后来有各种关于万物本原的天才猜测；公元前490至436年间的芝诺提出过至今依然给人以启迪的著名悖论；公元前460至370年间的德谟克里特提出过原子论；公元前384至322年间的亚里斯多德更是古希腊哲学家中“最博学的人物”，是古代科学集大成者，他全面研究了形式逻辑的理论问题，建立了以演绎法为主的形式逻辑体系，被认为是形式逻辑的奠基人；公元前330至275年间的欧几里德创立的几何学现在还是中学生的必修内容，它的逻辑体系如此精密，以至它的每一个命题都是绝对不容置疑的；公元前287至212年间的阿基米德奠定了近代物理学中静力学的基础……而所有这一切与几百年后才出现的基督教显然是毫无关系的吧？！相反，基督教的理性因素倒是来源于古希腊文明的成果，而近代科学也正是在古希腊文明的脉络上发展起来的。
     基督教的所谓“理性因素”，并不是早期基督教教义中原有的。初期的基督教神学思想完全是信仰主义与蒙昧主义的，教父哲学（公元2世纪中叶至5世纪）的代表人物德尔图良的“名言”就是佐证：“此事可信，因为它是荒谬可笑的；此事可靠，因为它是不可能的———我相信它，正因为它是荒谬的。”（参见文德尔班：《哲学史教程》上卷，商务印书馆1989年版）之后，教父哲学的另一位代表人物奥古斯丁才开始在一定程度上把理性引入了神学，喜欢引用古希腊罗马哲学（尤其是柏拉图哲学）来论证基督教神学信仰。至于所谓“理性因素”是中世纪基督教神学发展到“经院哲学”阶段以后才具有的，主要来源于亚里斯多德的学说。比如，12世纪著名经院哲学家阿伯拉尔就认为，上帝的存在也要证明，他提出：“理解才能信仰”，“在学问上最好的解决问题的方法是坚持和经常的怀疑，……怀疑把我们引向研究，研究使我们认识真理”（《世界通史资料选辑》中古部分，商务印书馆1964年版）。
     经院哲学的主要代表人物是托马斯·阿奎那。从11世纪末到13世纪末的十字军东征，使欧洲重新发现了古代希腊的灿烂文化，在学者中掀起了一股翻译与学习古希腊文献的热潮。原本亚里斯多德的学说与基督教信仰是相违背的，因此曾遭到教会的查禁（1209年）。然而越查禁，越引起人们的疑惑和关注，以致更多的人倾向于亚里斯多德的思想，反而使教会孤立起来。在这样的情况下，教皇格列高里九世不得不改变压制的方针，于1231年发出通谕，成立一个神学家委员会，委派他们审查、删改亚里斯多德的著作，“为我所用”。托马斯正是在这样的历史背景下展示身手的。他21岁时到过法国巴黎（当时的全欧学术文化中心），亲身体验了围绕亚里斯多德学说的争议和斗争。24岁后在德国科隆师从著名神学家阿尔伯特，四年学习期间，擅长亚里斯多德研究的阿尔伯特对他影响极深。
     托马斯为了给基督教寻找依托，便从对社会有深刻影响的古希腊哲学文献中断章取义，以此来服务于神学。他给基督教神学增加理性色彩，是想掩盖神学信仰的荒唐。经院哲学目的是为了论证《圣经》及神学教条的神圣性，决非要研究自然界规律，认识上帝、证明上帝的存在才是本意。因此所涉及的多是脱离现实的空洞、荒诞的问题，只能用烦琐的文字或晦涩的语言进行。他们也认可将理性作为认识自然的钥匙，从受造物认识上帝的信念出发可以对自然进行研究，但是理性一定要服从于对上帝的信仰，只能做上帝的“婢女”。不过，托马斯倡导信仰与理性和谐，承认理性与信仰在自然神学范围内的等价性，这就在一定程度上使理性具有了相对独立性。
     由此可见，基督教的“理性因素”是有很大局限性的，离开了古希腊自然哲学与逻辑学，即成为无本之木、无源之水。它不可能充当近代科学思维方式形成的必要前提。