社会科学研究是基础研究和应用研究的辩证统一。扎实、系统的基础研究一方面可为提高我国学术水平和全民族思想文化素质做贡献，另一方面则可使我们对现实重大问题的应用研究和对策研究达到一种洞若观火、透彻、澄明的境界。对此，我们在从事宗教学研究中亦深有体会。
　　宗教研究在探讨人类文明进程、人类精神奥秘上涉及许多基础性、理论性、历史性和知识性问题。它从人的精神世界及精神生活层面触及人的“心路历程”，其研究有学科本身发展的规律性和系统性。但宗教研究又关涉许多“全局性、战略性、前瞻性”的理论和实践问题。由于宗教与现实社会有着极为密切而复杂的联系，宗教问题往往会形成全球性热点或局部地区的焦点，国际竞争和较量亦常以宗教冲突、宗教自由或宗教人权问题之争等形式来表现，所以宗教研究又与应用研究和对策研究有着直接的关系。然而，宗教学的基础研究与应用研究并不矛盾，只要处理得当就能达到融会贯通、学以致用的效果。作为一个学术机构，我们的研究乃立足基础、关注现实，以学科自身应具备的整体性、规律性和系统性来分析、研究宗教问题的来龙去脉与宗教发展的最新动向及影响。而一旦某个问题突显出来或急需解决，我们则可深入到这一部分进行微观、具体、详细的研究，从而为我们的战略决策等现实应用提供背景知识、信息资源和理论依据，配合有关部门在应用和对策研究上积极有为。
　　自中国社会科学院建院以来，我们以弄清历史、掌握理论、突出重点的基本思路对世界几大宗教开展了系统研究。例如，我们在发展有中国特色、与时俱进的马克思主义宗教观，积极引导宗教与社会主义社会相适应，支持宗教界努力对宗教教义做出符合社会进步要求的阐释上进行了有益的探讨。自20世纪80年代以来，我们从历史与现状等层面对基督教在华传教史、中国与梵蒂冈关系、教案问题等开展了系统研究，并于90年代取得了初步成果。在伊斯兰教研究上，我们突出了伊斯兰教与国际政治这一重点。在20世纪90年代，我们又开始对新兴宗教、神秘膜拜团体、邪教包括“法轮功”等问题进行认真探究。正是这些基础研究的长期积累和阶段性成果，使我们能够及时配合党和政府有关部门，积极参与对宗教问题的应用和对策研究。1998年，我们举行了与美国宗教领袖代表团访华后的首场对话，从学术对话上为政治对话营造一种寻求沟通的、建设性的气氛。1999年，我们积极投入对邪教“法轮功”的揭批，并提醒有关部门注意海外动向、早做防范准备。2000年，我们在研讨、出版、咨询等方面积极配合中国宗教界参加在联合国总部举行的“宗教与精神领袖世界和平千年大会”；并依据对中梵关系的历史研究对梵蒂冈“封圣”活动加以谴责和批驳。这些实践活动使我们进一步认识到，必须有充分、系统的基础研究，才可能提高我们应用和对策研究的水平。因此，我们更坚定了踏踏实实从事基础研究并将之与实际有机结合的信心。